Zgnilizna szyjkowa (szara pleśń) choroba występuje na cebuli w pierwszym i drugim roku, a także przechowalni. Chorobę powoduje grzyb Botrytis alli Munn. Grzyb rozwija się nadziemnych częściach rośliny, wnikając przez miejsca uszkodzeń: mechanicznych w czasie zabiegów pielęgnacyjnych i zbioru, oraz przez uszkodzenia spowodowane przez szkodniki. Liście w pierwszym roku mogą być porażone we wczesnych fazach rozwojowych.

Czynnikiem chorobotwórczym jest grzyb Fusarium cepa. Grzyb wnika do cebuli w okolicach piętki powodując jej gnicie. Objawy choroby są takie same jak objawy białej zgnilizny. Zgnilizna może rozwijać się także w przechowalni. Rozwojowi choroby sprzyja wysoka wilgotność i ciepła pogoda.

Grzyb występuje na wszystkich cebulowatych, szczególnie groźny w latach chłodnych i wilgotnych. Występuje na cebuli we wszystkich fazach rozwojowych w pierwszym i drugim roku, oraz w przechowalni. Głównie atakuje korzenie i piętkę.

Głownia jest groźna chorobą na terenach gdzie jest uprawiana od szeregu lat bez zmianowania. Cebula jest porażana w 4-5 dni po skiełkowaniu, gdy liścień jest jeszcze w glebie. Liścień jest porażany w kilku miejscach. Po wydostaniu się na powierzchnię jest znacznie odporniejszy. Na porażonych liściach pojawiają się drobne ciemne zgrubienia, które po pewnym czasie przybierają barwę ołowiowo-szarą.

Mączniak rzekomy cebuli jest bardzo groźną chorobą, która bardzo często wyrządza duże szkody na plantacjach cebuli nasiennej i konsumpcyjnej. Mączniaka rzekomego wywołuje grzyb Peronospora destruktor, który oprócz cebuli zwyczajnej atakuje szalotkę, siedmiolatkę i szczypiorek. Zimuje grzybnia w wysadkach cebuli lub w dymce.

Zgorzel siewek to patogen grzybowy, który atakuje wszystkie rośliny od kiełkowania rośliny do 2-3 tygodnie po wschodach. Rośliny bardzo łatwo ulegają porażeniu, bo grzyb występuje w glebie i przenoszony jest przez nasiona. Tę chorobę wywołują bardzo różne patogeny i zbliżonych objawach.

Choroby bakteryjne są sprawcami gnicia cebuli, sprawcami gnicia są trzy różne bakteriozy: Erwinia carotovora, Pseudomonas allicola i Pseudomonas cepacia. W zależności od rodzaju bakterii objawy są następujące: