Choroby bakteryjne są sprawcami gnicia cebuli, sprawcami gnicia są trzy różne bakteriozy: Erwinia carotovora, Pseudomonas allicola i Pseudomonas cepacia. W zależności od rodzaju bakterii objawy są następujące:

• miękka zgnilizna cebul od szyjki
• wodnistość niektórych (często jednej) mięsistych łusek cebul, stopniowo zasychających
• śluzowata zgnilizna z żółtym zabarwieniem wewnętrznych łusek cebul

W walce z tymi chorobami dominuje profilaktyka. Przede wszystkim prawidłowe zmianowanie, uprawa na glebach o wysokiej kulturze zmeliorowanych i szybkie dosuszanie cebuli po zbiorze.