Zgnilizna szyjkowa (szara pleśń) choroba występuje na cebuli w pierwszym i drugim roku, a także przechowalni. Chorobę powoduje grzyb Botrytis alli Munn. Grzyb rozwija się nadziemnych częściach rośliny, wnikając przez miejsca uszkodzeń: mechanicznych w czasie zabiegów pielęgnacyjnych i zbioru, oraz przez uszkodzenia spowodowane przez szkodniki. Liście w pierwszym roku mogą być porażone we wczesnych fazach rozwojowych.

Na liściach pojawiają się plamy stopniowo powiększające się, z żółtawą obwódką. W okresie wegetacji porażeniu ulega szyjka cebuli, do której grzyb wnika podczas zasychania szczypioru lub przez miejsca uszkodzone mechanicznie. Pozornie zdrowe cebule, które uległy infekcji na polu zaczynają gnić w przechowalni od szyjki.

Fotografie przedstawiające objawy choroby - kliknij w miniaturkę aby zobaczyć zdjęcie w pełnym rozmiarze

Jeżeli proces gnilny powodowany jest wyłącznie przez grzyb, to cebula ulega suchej zgniliźnie, jeżeli grzybowi towarzyszą bakterie to rozwija się mokra zgnilizna. Na powierzchni porażonych cebul tworzą się lekko zapadnięte plamy różnej wielkości. Po odsunięciu łusek suchych widać szarobrunatny nalot grzybni. Rozwojowi choroby sprzyja wysoka wilgotność powietrza i wysoka temperatura, a także porażenie przez mączniaka rzekomego. Choroba przenoszona jest przez za pośrednictwem wysadków, dymki i nasion. Na plantacji na nasiennej choroba rozwija się przez cały okres wegetacji. Pędy kwiatostanowe ulegają załamaniu u podstawy, a kwiatostany zamierają. W czasie przechowywania procesy gnilne mogą powodować grzyby Sclerotinia sclerotiorum i Penicilium. Chemicznie zwalczamy tą chorobę za pomocą zapraw nasiennych, a czasie wegetacji za pomocą fungicydów.